MUA 在地方上存在次一级的组织，即地方 Minecraft 高校联盟。地方 Minecraft 高校联盟通常情况下以省份为界限。地方高联与 MUA 一样，成员由高校 Minecraft 组织组成，一个地方高联至少由三所地方高校组织发起。
地方高联是 MUA 在地区的自治组织，在不违背 MUA 纲领和章程的前提下可以自行制定规章；
加盟 MUA 与加盟地方高联相互独立，地方高联可以自行制定加盟条件，但是地方高联有义务发展和吸纳当地高校组织成为 MUA 的新成员，MUA 也有义务将当地高校组织向地方高联引荐；
地方高联须在 MUA 理事会群聊中有明确的负责人或联络人，在成立和人员更替时需及时通知 MUA 外联干事；
MUA 会定期评估地方高联的状况，若发现地方高联有严重违反 MUA 章程的行为或活跃度过低，经联盟代表大会表决通过后，将会予以除名。
现有地区性高校联合社群列表
- 陕西Minecraft高校联盟（陕高联） 868134647
- 江苏Minecraft高校联盟（苏高联） 565079598
- 湖北Minecraft高校联盟（鄂高联） 700843122
- 江西Minecraft高校联盟（赣高联） 943034282
- 四川Minecraft高校联盟（川高联） 787590688
- 河南Minecraft高校联盟（豫高联） 927183521
- 天津Minecraft高校联盟（津高联） 955721802
- 北京Minecraft高校联盟（京高联） 965805362
- 福建Minecraft高校联盟（闽高联） 735413519
- 重庆Minecraft高校联盟（渝高联）
- 粤港高校交流群 959013671